не забываем после обновления mysql выполнять

mysql_upgrade -p

и если потребуется

mysql_fix_privilege_tables --password=PaSwOrD

иначе получим при дампе

Aug 26 18:04:34 Backuping 'MySQL->mysql' failed: Unable to dump mysql database: mysqldump: Couldn't execute 'SHOW FUNCTION STATUS WHERE Db = 'mysql'': Column count of mysql.proc is wrong. Expected 20, found 16. Created with MySQL 50077, now running 50149. Please use mysql_upgrade to fix this error. (1558)
. Skip it.

проверим таблицы

mysql_upgrade --force -u root -p

обновление баз

mysqlcheck --check-upgrade --all-databases --auto-repair -u root -p

&

mysqlcheck --check-upgrade --all-databases --auto-repair --compress -p

при запуске в консоли

root@zx:~# service mysql start
[ ok ] Starting MySQL database server: mysqld . ..
[info] Checking for tables which need an upgrade, are corrupt or were
not closed cleanly..
root@zx:~#

не является ошибкой.
Такой строкой скрипт запуска MySQL рассказывает нам, что он:

• Проверяет наличие поврежденный таблиц;
• Проверяет наличие не закрытых таблиц;
• Проверяет наличие не обновленных таблиц, если вы обновили версию MySQL.

Для спокойствия, принудительно проверить вcе таблицы, можно следующим образом:

mysqlcheck --check-upgrade --all-databases --auto-repair --compress -h 127.0.0.1 -u root -p 
mysql_upgrade --force --compress -h 127.0.0.1 -u root -p